Nach nur fünf Jahren Spielbetrieb brannte das Haus bis auf die Umfassungsmauern ab. Während einer Vorstellung am 14. Januar 1823 fing ein Dekorationsteil Feuer. Weil das Löschwasser eingefroren war, konnte gegen den Brand nichts unternommen werden. Unter der Bauleitung von Leo von Klenze wurde das Theater in nur zwei Jahren wieder aufgebaut.

Mit der Regierungszeit des kunstbegeisterten bayerischen Märchenkönigs Ludwig II. begann 1864 eine Glanzzeit in der Geschichte der Münchner Oper: Schon kurz nach seiner Thronbesteigung holte der erst 19-jährige König den völlig verschuldeten Richard Wagner nach München. In den folgenden Jahren wurden fünf Meisterwerke des Komponisten in München uraufgeführt: 1865 erblickten im Nationaltheater „Tristan und Isolde“ das Licht der Welt, 1868 folgte „Die Meistersinger von Nürnberg“, danach kamen „Das Rheingold“ und „Die Walküre“. Und schließlich wurde 1888, fünf Jahre nach Wagners Tod, „Die Feen“ im Nationaltheater uraufgeführt. Das Königliche Hof- und Nationaltheater stand damit im Blickpunkt der europäischen Musikwelt.

Nachdem das Haus im Zweiten Weltkrieg erneut zerstört wurde, schien sein Ende besiegelt: In der Nacht des 3. Oktober 1943 trafen Spreng- und Brandbomben das Theater. Durch die große Hitze schmolz sogar die eiserne Bühnenkonstruktion. Ein Neubau stand außer Frage, weil die Haushaltsmittel der Stadt bereits durch den Neubau des benachbarten Residenztheaters überschritten wurden. Stadtplaner wollten die Ruinen sogar beseitigen, um in der Innenstadt mehr Raum zu schaffen. Aus Sorge um ihr Theater gründete eine Bürgerinitiative 1952 den heute noch bestehenden Verein „Freunde des Nationaltheaters e.V.“, der finanzielle Mittel sammelte und die Öffentlichkeit für den Wiederaufbau begeisterte. Fünf Jahre dauerte der Wiederaufbau des Nationaltheaters, der am Ende 62 Millionen Mark kostete. Am 21. November 1963 feierte man mit einer Aufführung der Wagner-Oper „Die Meistersinger von Nürnberg“ die Wiedereröffnung. Heute gehört das Nationaltheater mit 2.101 Plätzen und einer Bühne von 2.500 Quadratmetern zu den wichtigsten Repertoire-Theatern der gegenwärtigen Opernwelt.

Auch die jährlich veranstalteten Opernfestspiele tragen zum hervorragenden Ruf der Münchner Oper bei. 1875 wurde unter dem damaligen Generalintendanten Karl von Perfall erstmals ein Festsommer mit Opern von Mozart und Musikdramen von Wagner veranstaltet. Seit „Der Rosenkavalier“ 1911 seine Münchner Premiere feierte, gehört auch Richard Strauss neben Mozart und Wagner zum Dreiklang der Opernfestspiele. Namhafte Künstler wie Enrico Caruso, Karl Erb oder Maria Ivogün verschafften der Münchner Oper damals Weltruhm. Heutzutage gehören die jährlichen Opernfestspiele ebenso zu München wie das Oktoberfest und das Hofbräuhaus.